Três são as formas possíveis de relacionamento entre Estado e Religião: confusão, união e separação. O ideal é a relação de autonomia entre as duas esferas.
Na confusão não é possível perceber a separação das esferas política e religiosa. Nesse caso, Estado e Religião se confundem.
Na união não há liberdade religiosa, pois a religião fica submissa à força do Estado. Nesse caso, embora tenha o status de religião oficial, ela não possui condições para o livre exercício da experiência religiosa.
Na separação os espaços político e religioso são ocupados de modo autônomo. Nesse caso, o Estado assume um posicionamento neutro com relação às religiões, não adota uma religião oficial do Estado, não veta a existência de qualquer religião nem proíbe o cidadão de praticar uma religião.
O Estado laico não se torna um Estado ateu ou a-religioso, mas um Estado tolerante com toda e qualquer manifestação religiosa e garantidor do exercício da liberdade individual de escolher qual religião praticar. Em outras palavras, o Estado laico não pode imiscuir-se em assuntos religiosos, não tem competência para estabelecer culto e não pode patrocinar ou embaraçar o exercício da liberdade religiosa e de culto.
Quando o assunto é religião, embora possa colaborar com as iniciativas das religiões, o Estado deve manter-se neutro. Ele se compromete a não intervir em assuntos religiosos e a não assumir uma religião como oficial e se responsabiliza pela garantia do livre exercício da crença dos indivíduos, isolada e coletivamente.
Segundo a Constituição brasileira, a liberdade religiosa é um direito fundamental do indivíduo e está intimamente ligado ao princípio de dignidade da pessoa humana. Assim, não seria possível atentar contra a liberdade de religião sem lesar diretamente a dignidade humana. No entanto, a liberdade religiosa não pode ser interpretada ou vivenciada de modo isolado e absoluto, pois “o direito de um termina quando começa o direito do outro”.
A liberdade religiosa se equipara à liberdade de pensamento e de consciência. De certa forma, ela é o desdobramento da capacidade humana de pensar e de avaliar as realidades com as quais o ser humano se confronta. No entanto, alguns estudiosos estabelecem uma distinção entre liberdade interna e liberdade externa. A primeira seria a manifestação da vontade no mundo interior do ser humano; trata do foro interno, do mundo psicológico do indivíduo, daquele direito de pensar, sentir, desejar, crer, cultuar. A segunda seria a manifestação pública da liberdade interior.
A liberdade interna é garantida pela Constituição Federal, mas não produziria frutos se não fosse acompanhada de garantias que protegessem a liberdade externa. Afinal, de que adiantaria a alguém ter liberdade para pensar, crer, ou cultuar apenas no plano da intimidade ou da subjetividade, sem poder externar ou agir de acordo com a escolha feita.
Logo, a liberdade religiosa desdobra-se em três dimensões: liberdade de crença, liberdade de culto e liberdade de organização religiosa.
A liberdade de crença é o ponto de partida da liberdade religiosa, pois nela está contido o direito humano de acreditar em alguma realidade de natureza religiosa; as pessoas podem escolher livremente em que(m) crer, assim como podem escolher não crer em nada com características religiosas.
A liberdade de culto reveste-se do direito que o indivíduo possui de estabelecer cultos, liturgias, ritos, sem que o Estado ou qualquer pessoa natural ou jurídica crie interferências diretas ou indiretas. A garantia de liberdade de culto não restringe o exercício desse direito aos templos ou locais especificamente destinados a esse fim. A princípio, as pessoas podem exercer o direito de cultuar em qualquer lugar público ou privado e em qualquer horário, desde que não perturbem a ordem estabelecida.
A liberdade de organização religiosa é necessária para haver liberdade religiosa, pois aquela possibilita a estruturação das religiões de acordo com o desejo e a vontade de seus responsáveis.
Por isso, o Estado não pode interferir na forma de organizar ou de funcionar das religiões, mas também não pode prescindir de cumprir o seu papel de tutor da sociedade e das demais garantias do indivíduo.
As religiões, por sua vez, estão obrigadas ao cumprimento da legislação no que se refere aos deveres previdenciários, civis, trabalhistas, pois o direito de organização religiosa não isenta as religiões do cumprimento das obrigações que possuem quando estabelecem relações jurídicas com o Estado ou com quaisquer outras pessoas naturais ou jurídicas.